Kauno Šv. Kryžiaus (karmelitų) bažnyčia stovi šalia Nemuno, Gedimino gatvės pradžioje. Nuo upės ją teskiria plati krantinė. Šalia bažnyčios – buvęs karmelitų vienuolynas.
XVI a. ši atoki vietovė priklausė ne mietui, o prie kelio į Jiezną įsikūrusiam Kaunakiemio kaimui. Besiplečiantis miestas buvusį kaimą pasiekė tik XX a. viduryje. Nutiestos gatvės tarsi perskyrė bažnyčios ir vienuolyno ansamblį į dvi dalis.
1510 m. liepos 10 d. Kauno gyventoja Darata Nabienė paaukojo žemės sklypą prie upės Šv. Kryžiaus vardo bažnyčios statybai ir savo lėšomis pastatydino laikiną medinę koplyčią, kurią valdyti buvo pavesta Kauno parapinės bažnyčios, dabartinės Arkikatedros bazilikos, dvasininkams. XVII a. buvo įkurta savarankiška parapija.
1685 m. liepos 23 d. klebono Kazimiero Žodkevičiaus iniciatyva koplyčios vietoje buvo pradėta statyti nauja mūrinė bažnyčia, gavusi Šv. Kryžiaus Išaukštinimo ir Švč. Mergelės Marijos Aplankymo titulą (Exaltatio S. Crusis et Visitatio B. Mariae Virginis), pašventintas kertinis jos akmuo. Nors dokumentais nepatvirtinta, manoma, kad ją suprojektavo architektas Pietro Puttini, Pažaislio kamaldulių vienuolyno statytojas. Statyboje dirbo Kauno meistrai, Kaunakiemio kaimo ir apylinkių žmonės. Manoma, kad bažnyčios vidų freskomis dekoravo italų meistrai. Didįjį altorių puošė kolonos ir baldakimas, buvo įrengta viena koplyčia, po grindimis – trys rūsiai. Stogas buvo dengtas stiegėmis. Bokštai ir frontonas ilgai stovėjo neužbaigti, apkalti lentomis. 1700 m. birželio 27 d. Vilniaus vyskupas Konstantinas Bžostauskas pašventino jau pastatytą bažnyčią.
1770 m. Basųjų karmelitų ordino vienuoliai, gavę popiežiaus, Lenkijos karaliaus Stanislovo Augusto ir Vilniaus vyskupo leidimą, sudarė sutartį su Kauno miesto magistratu ir Šv. Kryžiaus parapijos klebonu, pagal kurią ši bažnyčia atiteko jiems, o miestui buvo perleistos jų senojo vienuolyno valdos. Basieji karmelitai magistratui už šią bažnyčią sumokėjo 40 tūkst. auksinų. Tuo metu jau buvo sumūrytos bažnyčios šoninės koplyčios. 1772 m. rugpjūčio 7 d. karmelitų vienuoliai apsigyveno prie Šv. Kryžiaus bažnyčios, pasistatę šalia jos erdvų, mūrinį dviejų aukštų vienuolyną, tačiau ir toliau valdė savo senąją Šv. Elijo bažnyčią, statytą 1726 m. 1772–1773 m. vienuolyno žemių vakarinėje dalyje stovinti Šv. Kryžiaus bažnyčia buvo atnaujinta (jos prasta būklė aprašoma 1772 m. inventoriuje), atsižvelgiantį Basųjų karmelitų ordino – marijiškosios vienuolijos – liturginį kalendorių. Bažnyčioje buvo įrengti karmelitų vienuolijos globėjų – Švč. Mergelės Marijos Škaplierinės, šv. Teresės Avilietės ir šv. Kryžiaus Jono – altoriai. Deja, per 1812 m. karą bažnyčia stipriai nukentėjo. XIX a. pradžioje joje esančią tapybą restauravo dailininkas P. Smuglevičius. 1830 m. atnaujintos koplyčios, sumūryti frontonai.
Carinės Rusijos imperijos okupacijos metu – 1845-aisiais bažnyčia ir vienuolynas buvo uždaryti. Bažnyčioje laikyti vežimai, pakinktai ir kt. 1880 m. patvirtinus rekonstrukcijos projektą, pastatas paverstas pėstininkų pulko kariniu sandėliu. Šiuo laikotarpiu bažnyčia labai nukentėjo, daug jai priklausiusių meno vertybių buvo sunaikinta arba dingo. Sunaikinti šeši barokiniai altoriai, vargonų choras, sakykla, iškirstos naujos durų ir langų angos.
Tačiau 1881 m. vyskupo Aleksandro Kazimiero Beresnevičiaus pastangų bei žmonių prašymų dėka Šv. Kryžiaus šventovė caro įsakymu buvo sugrąžinta katalikams ir vėl tapo parapijos bažnyčia. Minėtasis vyskupas ir kanauninkas kunigas Pranciškus Butkevičius pasirūpino ją sutvarkyti. 1885–1898 m. pastatyti penki neoklasicizmo formų altoriai, sakykla, vargonų choras, įkelti trys varpai. 1898 m. bažnyčios vidų išdažė Bachauf, o naujais tapybos darbais skliautus dekoravo Jonas Kerle iš Tirolio. 1895–1900 m. baigti statyti bokštai.
1925–1934 m. klebono V. Mieleškos liepimu bažnyčios vidus ir išorė vėl buvo remontuojami. Atnaujinti skliautų sienų tapybos paveikslus pavesta dailininkui Norkui, tačiau teigiama, kad taip tapybos darbai buvę sugadinti. Tai sulaukė specialistų susirūpinimo, buvo sudaryta speciali komisija, kurios nariai buvo Kauno kunigų seminarijos rektorius kunigas Pranas Penkauskas, Kariuomenės kapelionas kunigas Adolfas Sabaliauskas ir menotyrininkas, muziejininkas Paulius Galaunė. Pastarasis savo pareiškime šį atnaujinimą pavadino „neleistinu vandalizmu“. Komisijai parašius ataskaitą bei prašymą neleisti naikinti Karmelitų bažnyčios meno vertybių, arkivyskupas įsakė klebonui remontą sustabdyti.
Jau sovietmečiu, apie 1956 m., dailininkas Liudas Truikys bažnyčios išorinėse sienose nutapė du paveikslus: rytinėje – Nukryžiavimą (dabar uždengtas dėl žalingo aplinkos poveikio), pietinėje – Apraudojimą. Toliau buvo atliekami remonto darbai: 1965 m., 1979 m. ir vėliau. Šiuo metu bažnyčia taip pat restauruojama.
Parengta pagal prof. Laimos Šinkūnaitės bei Editos Šedbaraitės straipsnius ir leidinį „Kauno architektūra“